Prosessen med å justere hydrogenatomer i en MR kalles magnetisering. Det oppnås ved å påføre et sterkt og jevnt magnetfelt, vanligvis generert av en superledende magnet. Styrken til dette magnetfeltet måles i teslaer (T). Høyere magnetfeltstyrker resulterer i bedre justering av hydrogenatomer og følgelig MR-bilder av høyere kvalitet.
Når hydrogenatomene er justert, kan de manipuleres ved hjelp av radiofrekvenspulser (RF) for å produsere de nødvendige signalene for MR. Disse RF-pulsene forstyrrer kort justeringen av hydrogenatomene, og får dem til å "snu" eller endre spinnretningen. Når RF-pulsene er slått av, justerer hydrogenatomene seg med magnetfeltet, og frigjør energi i form av radiobølger. Disse radiobølgene oppdages av MR-skanneren og brukes til å lage bilder.
Ved nøyaktig å kontrollere timingen og styrken til magnetfeltet og RF-pulser, kan MR selektivt eksitere og oppdage signalene fra hydrogenatomer i ulike deler av kroppen. Denne informasjonen brukes deretter til å generere detaljerte tverrsnittsbilder som gir verdifull innsikt i anatomi og fysiologi, og hjelper til med diagnostisering og overvåking av ulike medisinske tilstander.