Synapser er knutepunkter mellom to nevroner, hvor signaler overføres fra en nevron til den andre. I ryggmargen oppstår synapser i den grå substansen, som ligger i midten av ryggmargen. Den grå substansen inneholder cellelegemene til nevroner, samt dendritter og aksoner, som er forlengelsene av nevroner som overfører signaler.
Den hvite substansen, som er plassert på utsiden av ryggmargen, inneholder bunter av aksoner som overfører signaler opp og ned i ryggmargen. Synapser forekommer ikke i den hvite substansen.
Den spesifikke plasseringen av synapser i ryggmargen avhenger av typen nevron som er involvert. For eksempel forekommer synapser mellom sensoriske nevroner og motoriske nevroner i det ventrale hornet i ryggmargen, mens synapser mellom interneuroner forekommer i dorsalhornet.