Det er to typer HPV-antigener:
* Tidlige antigener: Disse antigenene kommer til uttrykk i de tidlige stadiene av den virale livssyklusen, før viruset har produsert nye virale partikler.
* Sene antigener: Disse antigenene kommer til uttrykk i de sene stadiene av den virale livssyklusen, etter at viruset har produsert nye virale partikler.
HPV-antigener er viktige mål for vaksineutvikling. Det finnes i dag vaksiner mot HPV som kan forhindre infeksjon med de vanligste HPV-typene som forårsaker livmorhalskreft.