Helse og Sykdom
Disse teknikkene måler frekvensen av fysiske interaksjoner mellom ulike regioner av genomet, og gir innsikt i høyere ordens kromatinstruktur og langdistanse regulatoriske interaksjoner. Her er noen ofte brukte Hi-C og relaterte teknikker:
1. Hi-C (High-throughput chromatin conformation capture):
Dette er den originale og mest brukte Hi-C-teknikken. Det innebærer å tverrbinde interagerende kromatinsegmenter, fragmentere DNA og deretter ligere DNA-fragmentene sammen. De ligerte fragmentene blir deretter sekvensert, og de resulterende dataene brukes til å generere et genomomfattende interaksjonskart.
2. 5C (sirkulær kromosomkonformasjonsfangst):
Denne teknikken ligner på Hi-C, men bruker en annen bibliotekfremstillingsmetode som resulterer i sirkulariserte DNA-fragmenter. Sirkularisering muliggjør mer effektiv fangst av langdistanseinteraksjoner og kan gi høyere oppløsningsdata i visse regioner av genomet.
3. ChIA-PET (kromatininteraksjonsanalyse ved sekvensering av parede ende-tag):
Denne teknikken kombinerer kromatinimmunutfelling (ChIP) med Hi-C for å identifisere langdistanseinteraksjonene assosiert med spesifikke proteiner eller histonmodifikasjoner. Den kan brukes til å kartlegge interaksjonene mellom spesifikke transkripsjonsfaktorer eller andre regulatoriske proteiner med målgenene deres.
4. PLAC-seq (nærhetsligeringsassistert kromatinsekvensering):
Denne teknikken benytter nærhetsligering for å fange interagerende DNA-fragmenter før sekvensering. Den muliggjør deteksjon av interaksjoner med en høyere oppløsning sammenlignet med tradisjonelle Hi-C-metoder og kan gi informasjon om orienteringen til samvirkende sekvenser.
5. Capture Hi-C:
Denne teknikken bruker biotinylerte RNA-prober for å berike for interaksjoner mellom spesifikke genomiske områder av interesse. Ved å designe prober som retter seg mot spesifikke loki, tillater Capture Hi-C målrettet analyse av genomiske interaksjoner på en regionspesifikk måte.
Hver av disse teknikkene gir verdifull informasjon om den tredimensjonale organiseringen av genomet og har bidratt til vår forståelse av genregulering, kromatindynamikk og kjernefysisk arkitektur. Valg av teknikk avhenger ofte av det spesifikke forskningsspørsmålet og ønsket nivå av oppløsning og kartlegging.