De fleste bakterier er gunstige. Faktisk er bare rundt 1 % av alle bakterier patogene eller sykdomsfremkallende. De aller fleste bakterier er faktisk nyttige, og spiller viktige roller i miljøet og i kroppen vår. For eksempel hjelper bakterier til å bryte ned organisk materiale, resirkulere næringsstoffer og produsere oksygen. De hjelper oss også å fordøye mat, bekjempe infeksjoner og produsere vitaminer. Anaerobe bakterier er de som ikke trenger oksygen for å overleve. Noen anaerobe bakterier er gunstige, for eksempel de som hjelper oss med å fordøye maten, mens andre er sykdomsfremkallende, for eksempel de som forårsaker stivkrampe og botulisme.
