Menstruasjonsblod kan skjule områder i tykktarmen og endetarmen, noe som gjør det vanskeligere for legen å se unormalt vev, som betennelse, sår eller polypper. Dette kan øke risikoen for manglende mulige problemer eller feildiagnostisering av tilstander. I tillegg kan tilstedeværelsen av menstruasjonsblod fortynne eller vaske bort eventuelle preparatvæsker som brukes under prosedyren, og kompromittere kvaliteten på undersøkelsen.
Videre opplever noen kvinner ubehag i magen og kramper under menstruasjonssyklusen, noe som kan gjøre det vanskeligere å tolerere prosedyren.
Av disse grunner anbefales det generelt å unngå koloskopi under menstruasjonssyklusen hvis mulig. Den beste tiden å planlegge en koloskopi er vanligvis mellom slutten av menstruasjonssyklusen og uken før den neste begynner.