Årsaken til ondartet malaria er infeksjon av den menneskelige verten med Plasmodium falciparum, en art av parasittiske protozoer (sporozoer). Parasitten overføres til mennesker via bitt av infiserte Anopheles-mygg. Det er den mest virulente av de fem malariaparasittene som infiserer mennesker, og er ansvarlig for det overveldende flertallet av malariarelaterte dødsfall over hele verden.