Alvoret av en kraniotomi kan variere avhengig av en rekke faktorer, for eksempel plasseringen og størrelsen på snittet, den underliggende tilstanden som behandles og individets generelle helse. Noen kraniotomier kan være relativt enkle og innebære minimal risiko, mens andre kan være mer komplekse og kreve lang restitusjonstid.
Generelt regnes kraniotomier som store operasjoner og bør kun utføres når det er absolutt nødvendig. Men når de er nødvendige, kan de være livreddende og kan forbedre en persons livskvalitet betydelig.