AutoDock Atom Typer

AutoDock er en pedagogisk plattform som bruker kjente atomer og et rutenett interface i kombinasjon med bonding applikasjoner å forutsi bindende sats på de fleste små molekyler . Dette gjør det mulig for elevene å nesten studere molekyl bindende uten å kreve kostbar laboratorie tid og trening . Elementer

AutoDock støtter de grunnleggende elementer: H , C, N, O , F, Mg , P, S , Cl, Ca, Mn, Fe , Zn , Br og I. Disse er parametrisert innenfor programmet , slik at den gjenkjenner deres fysiske egenskaper, egenskaper og reaksjoner på andre elementer. Disse grunnleggende elementene kan anvendes for å danne et molekyl og testet med en bindende applikasjon eller oppløsningsmiddel . For eksempel vil en student indikere to hydrogenmolekylertil ett oksygenmolekyl, H2O og ville være i stand til å teste denne vannmolekyl mot sin binding rate.
Binding

AutoDock støtter en rekke bindende eller docking kjemikalier og elementer , bør navnet og eller etiketten på docking element bli skrevet inn i brukergrensesnittet for å finne og velge den rette element . AutoDock gir et system av verktøy som skal hjelpe visning , overvåke og fremskynde bonding prosessen . Disse inkluderer røntgenkrystallografi , struktur - basert drug design , bly optimalisering , virtual screening ( HTS ) , kombinatorisk bibliotek design, protein - protein docking og kjemisk mekanisme studier . Dette gjør at en student å jobbe med elementene og for å binde dem under en rekke forhold , slik at de beste og mest nøyaktige testresultater kan oppnås .
Grid Kart

AutoDock rutenett eller Rutenett kart brukes til å sammenkoble og matche elementer med permer , for å gjøre det , skal studenten skriv den kjemiske navnet på elementet i enkelt bokstav format å finne det på nettet . Elementer på risten har allerede blitt undersøkt og testet og deres omkretser har allerede blitt definert . Dette gjør at en student å bare velge et atom og bindemiddel uten å angi detaljer . Den AutoDock Grid Kart tillater derfor en student å lære om egenskapene og utkant atomet mens testing sin binding rate.
Legge Elements

Dersom en student har et element som ennå ikke er inngått AutoDock system , kan de gå inn i den ved hjelp AutoDock pre - eksisterende perimeter fil med nøyaktig informasjon om atom i spørsmålet . Dette bør da bli lastet opp til AutoDock og kalibrert , re - kalibrert for nøyaktighet før de blir testet . Imidlertid bør det bemerkes at å legge et element krever en inngående kunnskap om hvordan elementet vil handle og reagere under bonding prosessen så vel som med andre atomer .