Under et mikroskop kan mikroorganismer farges med fargestoffer for å forbedre deres synlighet og studere deres struktur. Ulike typer flekker kan binde seg til spesifikke komponenter i mikroorganismene, noe som gjør dem synlige under mikroskopet. For eksempel er Gram-farging en vanlig teknikk som skiller Gram-positive bakterier (som virker lilla) fra Gram-negative bakterier (som ser røde ut).
Det er imidlertid viktig å merke seg at å tildele en enkelt farge til alle bakterier ikke er vitenskapelig nøyaktig, siden de omfatter et stort utvalg av mikroorganismer, inkludert bakterier, sopp, virus, protozoer og mer. Fargen på disse organismene kan variere mye avhengig av deres art og egenskaper.