Styrken på det utsendte signalet avhenger av tettheten av protoner i vevet. Dette gjør at MR kan lage bilder av kroppen basert på fordelingen av protoner i forskjellige vev. Vannrikt vev, som blod og cerebrospinalvæske, vises for eksempel lyst på MR-bilder, mens fettrikt vev, som bein og muskler, virker mørkt.
MR er en allsidig bildebehandlingsteknikk som kan brukes til å studere et bredt utvalg av vev og organer i kroppen. Det er spesielt nyttig for avbildning av bløtvev, som hjernen, hjertet og nyrene. MR brukes også til å diagnostisere og overvåke en rekke medisinske tilstander, inkludert kreft, hjerneslag og hjertesykdom.