I tillegg ville baseparingsreglene vært annerledes hvis puriner kun pares med pyrimidiner. I stedet for Watson-Crick baseparene, som er A-T og G-C, ville vi ha A-C og G-T par. Disse parene ville ikke være like stabile som Watson-Crick-parene, og det er mer sannsynlig at de bryter fra hverandre. Dette vil gjøre DNA mindre stabilt og mer utsatt for mutasjoner.
Totalt sett ville deoksyribose-sukkerfosfat-ryggraden i nukleotidkjeder se ganske annerledes ut hvis puriner bare pares med pyrimidiner, og pyrimidiner bare med pyrimidiner. Nukleotidkjedene ville være ujevne, baseparingsreglene ville være forskjellige, og DNA-et ville være mindre stabilt.