Den rødbrune fargen på den første morgenurinen kan tilskrives tilstedeværelsen av urobilin, et pigment som produseres under nedbrytningen av hemoglobin, det oksygenbærende proteinet i røde blodlegemer. Når gamle røde blodlegemer brytes ned, blir hemoglobinet deres behandlet av leveren for å danne bilirubin, et gult pigment. Bilirubin skilles deretter ut fra kroppen, med en del av det som går til tarmene og omdannes til urobilin av bakterier. Noe av urobilinet blir deretter reabsorbert i blodet og filtrert av nyrene inn i urinen.
I løpet av natten, på grunn av redusert væskeinntak, reduseres urinproduksjonen, og konsentrasjonen av urobilin i urinen øker, noe som gir den et mørkere rødbrunt utseende. Ettersom hydreringen forbedres utover dagen med økt væskeinntak, blir urinfargen gradvis lysere.
Det er verdt å merke seg at mens rødbrun urin vanligvis er forårsaket av konsentrert urin, kan det noen ganger være et tegn på andre medisinske tilstander, som dehydrering, overdreven svetting eller visse lever- eller nyresykdommer. I disse tilfellene kan urinen også ha ytterligere symptomer eller abnormiteter, og det vil være tilrådelig å konsultere en helsepersonell for riktig evaluering.