Årsaken til Raffaellos død er usikker, men det antas generelt at han døde av feber. Han ble syk i 1520 etter en dag med intenst arbeid i Vatikanet. Han døde 6. april 1520, 37 år gammel. Noen mener at han døde av utmattelse, mens andre mener at han kan ha blitt forgiftet. Det er ingen definitive bevis som støtter noen av teoriene.
