Slik konverterer Sequence til Fasta

Ett ​​felles mål i medisinsk forskning innebærer identifisering av feil eller mutasjoner i DNA- sekvens som kan føre til genetisk relatert sykdom . Teknologi og informatikk har avansert genetisk forskning til et nivå hvor tusenvis av sekvensdata kan analyseres samtidig . En fastsettelse av nyere programvare er konvertering på forhånd av sekvensdata i FASTA format . FASTA er lik enkel tekstformat . Det gjør at flere biter av data som skal sammenstilles i en enkelt fil, og akselererer analyse . Men de fleste instrumenter generere sekvens filer i tekstformat . Konvertere tekst til FASTA formatet er en enkel prosess ved hjelp av tekst editor programvare . Du trenger
Computer
Tekst editor program på
Vis flere instruksjoner
en

Åpne utpekt DNA sekvensen tekstfil ved hjelp av tekst - redigering program . Dette ville være Text Editor for MacIntosh og Notatblokk for Windows -kompatible systemer . Original sekvens tekstfiler kunne ha en alternativ utvidelse som seq for data som genereres på et Applied Biosystems automatisert genetisk analysator .
To

Begynn den første linjen ved å skrive > etterfulgt av en sekvens -ID . Jo større enn symbolet angir FASTA format for programmer som analyserer fasta data . Det er ingen spesifikke regler om identifikasjon så lenge det ikke er noen mellomrom . Et eksempel på en akseptabel oppføring for den første linjen er > Cat_Isomerase_Exon3 .
3

Trykk på " Tilbake "-tasten for å lage et linjeskift og begynner den andre linjen .

4

Begynn sekvensdata på linje to . Fasta retningslinjer format krever DNA tekstdata følgende International Union of Pure and Applied Chemistry , IUPAC , koder . Hver linje er begrenset til 80 tegn som representerer 80 DNA- baser og kan være store eller små bokstaver . En akseptabel oppføring inkludert blandede baser er AGCTTCGTGG ... CVTGCGTTGT .
5

Trykk på "Return" tasten for å starte neste linje av sekvensdata . Hver linje skal bestå av 80 baser representert ved IUPAC kode .
6

Lagre filen ved hjelp av txt filtype eller hensiktsmessig FASTA filtypen . Programmer som behandler FASTA formaterte data krever ofte en FASTA bestemt filtype, for eksempel Kredittilsynet, fna , FFN eller frn .