For eksempel, hvis hypothalamus føler at kroppstemperaturen er for høy, vil den sende signaler til hjernestammen for å få kroppen til å svette og frigjøre varme. Hvis hypothalamus føler at kroppen er for kald, vil den sende signaler til hjernestammen for å få kroppen til å skjelve og spare på varmen.
Hypothalamus kontrollerer også frigjøringen av hormoner fra hypofysen. Hypofysen kalles ofte "mesterkjertelen" i det endokrine systemet fordi den kontrollerer frigjøringen av hormoner fra andre endokrine kjertler. Hypothalamus styrer frigjøringen av hormoner fra hypofysen ved å sende signaler til hypofysen.
For eksempel, hvis hypothalamus føler at kroppen trenger mer veksthormon, vil den sende signaler til hypofysen om å frigjøre veksthormon. Hvis hypothalamus føler at kroppen trenger mer skjoldbruskkjertelhormon, vil den sende signaler til hypofysen om å frigjøre skjoldbruskkjertelhormon.
Hypothalamus er en svært viktig del av hjernen som styrer mange forskjellige kroppsfunksjoner. Det autonome nervesystemet og det endokrine systemet er to av de viktigste systemene som hypothalamus kontrollerer.