Mens toksiner og avfall kan komme inn i filtratet ved passiv diffusjon, kan de også aktivt utskilles fra blodplasmaet inn i filtratet av visse celler i nyretubuli, spesielt i den proksimale kronglete tubuli. Denne aktive sekresjonsprosessen krever energi og involverer spesifikke transportproteiner lokalisert på den luminale siden av de rørformede cellene. Disse proteinene binder seg til giftstoffene eller avfallsmolekylene og transporterer dem inn i filtratet mot en konsentrasjonsgradient.
Aktiv tubulær sekresjon spiller en viktig rolle i å eliminere ulike stoffer som ikke effektivt kan filtreres gjennom passive prosesser. Det hjelper med å fjerne legemidler, metabolitter, giftstoffer, tungmetaller og visse ioner som kalium, hydrogen og ammoniumioner fra kroppen. Ved aktivt å skille ut disse stoffene inn i filtratet, kan nyrene opprettholde riktig væske- og elektrolyttbalanse og regulere pH i kroppsvæskene.