Det er to vanskeligheter med å bruke indikatororganismer for å vurdere vannkvaliteten. For det første indikerer fraværet av indikatororganismer ikke nødvendigvis fraværet av patogener. Dette kan skje dersom det er en rekke patogener tilstede som ikke påvises av indikatororganismene, eller hvis indikatororganismene ikke er tilstede ved prøvetaking. For det andre indikerer tilstedeværelsen av indikatororganismer ikke nødvendigvis tilstedeværelsen av patogener. Dette kan skje hvis indikatororganismene ikke er direkte assosiert med patogenet av interesse, eller hvis indikatororganismene er mer motstandsdyktige mot miljøforholdene enn patogenet av interesse.