Etter hvert som flere og flere mikroorganismer ble oppdaget og knyttet til spesifikke sykdommer, ble ideen om at bakterier forårsaker sykdom allment akseptert. Dette førte til utviklingen av sanitær- og hygienepraksis, som å vaske hender, dekke til sår og koke vann, noe som bidro til å redusere forekomsten av sykdom.
På begynnelsen av 1900-tallet befestet utviklingen av antibiotika, som penicillin, koblingen mellom mikroorganismer og sykdom ytterligere. Antibiotika virker ved å drepe eller hemme veksten av bakterier, og bruken av dem har vært utrolig vellykket i å behandle bakterielle infeksjoner.
Til tross for alle disse bevisene, tror noen fortsatt at mikroorganismer ikke er årsaken til sykdom. Denne troen er ofte basert på en misforståelse av vitenskapen, eller på en preferanse for alternative forklaringer, for eksempel troen på at sykdom er forårsaket av stress eller andre livsstilsfaktorer.
Som konklusjon har sammenhengen mellom mikroorganismer og sykdom blitt støttet av århundrer med vitenskapelig bevis. Selv om det fortsatt er noen som utfordrer denne assosiasjonen, er den overveldende konsensus blant forskere at mikroorganismer er årsaken til mange sykdommer.