2. CRISPR-Cas-systemer: Dette er sofistikerte immunsystemer som finnes i mange bakterier og archaea. De fungerer som adaptive minnebanker for tidligere fagmøter. CRISPR-Cas-systemer kan generere korte RNA-molekyler som matcher den genetiske sekvensen til fager som påtreffes. Disse RNA-ene veileder Cas-proteinene til nøyaktig å målrette og ødelegge enhver fremtidig fag-DNA som bærer den spesifikke sekvensen.
3. Abortsinfeksjonssystemer (Abi): Noen bakterier bruker Abi-systemer som en rask-respons forsvarsmekanisme. Når en fag injiserer sitt DNA, utløser Abi et raskt selvdestruksjonsprogram i bakteriecellen, og avbryter infeksjonen før fagreplikasjon til og med kan begynne. Denne strategien forhindrer at avkomsfager dannes, og reduserer effektivt infeksjonssyklusen.