Når en vaksinert person utsettes for selve patogenet, er immunsystemet raskt i stand til å gjenkjenne og ødelegge det før det kan forårsake sykdom. Dette er fordi antistoffene som produseres som respons på vaksinen allerede er klargjort for å målrette og nøytralisere patogenet. Som et resultat er personen beskyttet mot å utvikle sykdommen.
I tillegg til å beskytte individer, kan vaksinasjon også bidra til å oppnå flokkimmunitet, som oppstår når en stor del av befolkningen er immun mot en sykdom. Dette kan forhindre utbrudd og beskytte sårbare individer som kanskje ikke kan vaksineres, for eksempel spedbarn eller personer med svekket immunforsvar.
Vaksinasjon er en av de mest effektive og sikre måtene å forebygge smittsomme sykdommer. Det har bidratt til å utrydde eller kontrollere mange sykdommer, som kopper, polio og meslinger. Vaksinasjon er en viktig del av folkehelsen og er avgjørende for å beskytte enkeltpersoner og lokalsamfunn mot sykdommer som kan forebygges.