Indol: Indol er en heterosyklisk aromatisk organisk forbindelse som har en sterk, fekallignende lukt. Det produseres ved nedbrytning av tryptofan, en aminosyre som finnes i proteiner. E. coli produserer indol som et biprodukt av metabolismen, og det er en av de viktigste bidragsyterne til den karakteristiske lukten av E. coli-kulturer.
Skatole: Skatole er en annen heterosyklisk aromatisk organisk forbindelse som har en sterk, fekal lukt. Det produseres også ved nedbrytning av tryptofan. Skatol er tilstede i høyere konsentrasjoner i E. coli-kulturer som har blitt dyrket i nærvær av høye nivåer av tryptofan.
Hydrogensulfid: Hydrogensulfid er en fargeløs gass som har en sterk, råtten egglukt. Det produseres ved reduksjon av sulfationer, som er tilstede i vekstmediet. E. coli produserer hydrogensulfid som et biprodukt av stoffskiftet, og det bidrar til den ubehagelige lukten av E. coli-kulturer.
Andre flyktige organiske forbindelser (VOC): I tillegg til indol, skatol og hydrogensulfid, kan E. coli-kulturer produsere forskjellige andre VOC som bidrar til lukten deres. Disse VOC inkluderer forbindelser som eddiksyre, smørsyre og propionsyre, som har sur eller skarp lukt.
Den spesifikke luktprofilen til en E. coli-kultur kan variere avhengig av stammen av E. coli, vekstforholdene og tilstedeværelsen av andre mikroorganismer. Imidlertid er forbindelsene nevnt ovenfor vanligvis forbundet med lukten av E. coli-kulturer.