På den annen side, immunsystemet er ansvarlig for å forsvare kroppen mot infeksjoner, virus og fremmede stoffer. Det involverer ulike organer, celler og molekyler som jobber sammen for å gjenkjenne, angripe og eliminere skadelige stoffer.
Derfor påvirker ikke tilstedeværelsen eller fraværet av en skjoldbruskkjertel direkte funksjonen til immunsystemet. Både skjoldbruskkjertelen og immunsystemet er avgjørende for ulike aspekter av generell helse og velvære.