For lokalisert beinkreft (kreft som er begrenset til beinet og ikke har spredt seg til andre deler av kroppen), er prognosen generelt bedre enn for metastatisk beinkreft (kreft som har spredt seg til andre deler av kroppen). Femårsoverlevelsen for lokalisert beinkreft er omtrent 65 %, mens femårsoverlevelsen for metastatisk beinkreft er omtrent 30 %.
Typen beinkreft påvirker også prognosen. Osteosarkom, den vanligste typen beinkreft, har en bedre prognose enn Ewings sarkom, en annen vanlig type beinkreft.
Alder er også en faktor som kan påvirke prognosen. Barn og ungdom har en tendens til å ha bedre prognose enn voksne.
Samlet sett har prognosen for beinkreft forbedret seg betydelig de siste årene på grunn av fremskritt innen behandling, inkludert kirurgi, kjemoterapi og strålebehandling. Imidlertid er beinkreft fortsatt en alvorlig sykdom med høy risiko for tilbakefall.