Enzymet som finnes i magen og som hjelper til med fordøyelsen av proteiner, kalles pepsin. Pepsin skilles ut i form av pepsinogen, som er inaktivt, og aktiveres deretter i det sure miljøet i magesekken av saltsyre. Pepsin fungerer best under sure forhold og bryter ned proteiner til mindre peptidfragmenter, og forbereder dem for videre fordøyelse av andre enzymer i tynntarmen.
