Klaffene mellom atriene (de atrioventrikulære klaffene) må ikke lukkes helt når atriene trekker seg sammen. Ellers ville blod bli sittende fast i atriene, og følgelig ville mindre oksygenrikt blod forlate hjertet. Ved mitralstenose åpner ikke mitralklaffen som forbinder venstre atrium med venstre ventrikkel helt. Denne situasjonen svekker fyllingen av venstre ventrikkel, og det kan gi mottrykk i lungesirkulasjonen, noe som fører til pulmonal hypertensjon og til slutt høyre hjertesvikt.
