Når det gjelder miljøpåvirkning, er det knyttet til virkningene av menneskelige aktiviteter og prosesser på det naturlige miljøet. Når man vurderer plager med lav forekomst, fokuserer miljøpåvirkningen først og fremst på de potensielle konsekvensene av medisinske intervensjoner, medisiner, behandlinger eller forebyggende tiltak knyttet til å håndtere disse sjeldne tilstandene. Den tar sikte på å minimere eventuelle negative effekter på økosystemer, habitater, biologisk mangfold, forurensningsnivåer eller generell miljømessig bærekraft, samtidig som den ivaretar helsebehovene til individer med lav forekomst av plager.