Benzalkoniumklorid er en kvaternær ammoniumforbindelse, noe som betyr at den har et nitrogenatom med fire alkylgrupper festet. Det er et kationisk overflateaktivt middel, noe som betyr at det har en positiv ladning. Benzalkoniumklorid er en svak base, med en pKa på omtrent 12. Dette betyr at den kan donere et proton til en sterkere base, men den kan ikke akseptere et proton fra en svakere syre.
