Guanidin er ikke en vanlig foreskrevet medisin. Det har begrenset bruk i behandlingen av myasthenia gravis, en sjelden nevromuskulær lidelse preget av muskelsvakhet.
I slike tilfeller ble guanidinhydroklorid tidligere prøvd i myasthenia gravis, men har blitt erstattet av annen mer effektiv terapi (for eksempel:Mestinon).
