Opprinnelsen til malaria er ikke helt klar, men den antas å ha sin opprinnelse i Afrika sør for Sahara. Bevis på malariaparasitter er funnet i fossiliserte mygg som dateres tilbake til miocen-epoken, for rundt 20 millioner år siden. Disse fossilene ble oppdaget i Den dominikanske republikk og antyder at malaria kan ha vært tilstede i Amerika før menneskers ankomst. Den nøyaktige geografiske opprinnelsen til malaria er imidlertid fortsatt usikker.
