Habitatet til malaria er tropiske og subtropiske områder i verden, spesielt Afrika sør for Sahara, Sør- og Sørøst-Asia, Midtøsten og Sentral- og Sør-Amerika. Tilstedeværelsen av malaria er sterkt påvirket av klimatiske faktorer, som temperatur, nedbør og fuktighet, som påvirker overlevelsen og utviklingen av Anopheles-myggen som overfører malariaparasitter. Malaria har en tendens til å trives i områder der det er stillestående eller saktegående vann, gunstige hekkesteder for disse myggene, som myrer, sumper, rismarker og sølepytter. Den geografiske fordelingen av malaria er også formet av helsevesenets infrastruktur, sosioøkonomiske forhold og utbredelsen av insektmiddelresistens hos mygg.
