Guddommelig straff: Mange religiøse mennesker trodde at svartedauden var en straff fra Gud for menneskehetens synder. De trodde at sykdommen var et tegn på Guds vrede, og at den først ville ta slutt når folk omvendte seg og reformerte sine veier.
Astrologiske påvirkninger: Noen astronomer og astrologer mente at justeringen av stjernene og planetene hadde forårsaket svartedauden. De trodde at visse himmelske hendelser kunne påvirke menneskers helse og skjebne, og at pandemien var et resultat av en bestemt konfigurasjon av stjernene.
Naturlige årsaker: Andre mennesker trodde at svartedauden var en naturlig forekomst, uten noen overnaturlige eller himmelske årsaker. Noen trodde det var forårsaket av en giftig damp som hadde spredt seg fra øst, mens andre mente det var forårsaket av en endring i klimaet, som tørke eller flom.
Hekseri og trolldom: Noen mennesker beskyldte trolldom og trolldom for svartedauden, og mente at den var forårsaket av onde ånder eller ondskapsfulle mennesker. Dette førte til utbrudd av heksejakt, med mange mennesker som ble anklaget og henrettet for hekseri, spesielt kvinner som ofte ble assosiert med helbredelse og jordmor.
Personlig hygiene og sanitær: Selv om det ikke var allment forstått på den tiden, spilte dårlig hygiene og sanitær en rolle i spredningen av svartedauden, ettersom bakteriene som forårsaket sykdommen (Yersinia pestis) kan trives under uhygieniske forhold. Forståelsen av bakterieteori og årsakene til infeksjonssykdommer var imidlertid fortsatt århundrer unna.
Som konklusjon, i løpet av svartedaudens tid, eksisterte ulike teorier og tro side om side, påvirket av religiøs tro, kulturell overtro, begrenset medisinsk kunnskap og naturfenomener. Det var ikke før fremskritt innen vitenskap og medisin gjennom århundrene at menneskeheten begynte å forstå den sanne årsaken og overføringsmekanismene til pesten.