Generelt regnes obduksjonsrapporter som journaler og er underlagt de samme oppbevaringskravene som annen medisinsk informasjon. Mange sykehus og helseinstitusjoner følger retningslinjene til American Health Information Management Association (AHIMA) eller andre relevante bransjestandarder når de fastsetter oppbevaringsperioder.
I henhold til AHIMAs retningslinjer skal obduksjonsrapporter oppbevares i minimum 10 år etter datoen for obduksjonen eller pasientens død, avhengig av hva som er senere. Noen jurisdiksjoner kan ha andre krav, så det er viktig for sykehus å rådføre seg med juridisk rådgiver og overholde lokale forskrifter.
I tillegg til oppbevaringsperioden kan sykehus også ha retningslinjer for lagring, tilgang og ødeleggelse av obduksjonsrapporter. For eksempel kan obduksjonsrapporter lagres på sikre steder med begrenset tilgang for å beskytte personvernet til den avdøde personen. Sykehus kan også ha prosedyrer for å ødelegge eller avidentifisere obduksjonsrapporter etter at oppbevaringsperioden er utløpt.