Medisin fra tidlig middelalder var i stor grad basert på læren til den antikke greske legen Galen, hvis teorier dominerte medisinsk tankegang i århundrer. Galenisk medisin var basert på troen på at menneskekroppen var bygd opp av fire humors:blod, slim, svart galle og gul galle. Det ble antatt at et overskudd eller mangel på en eller flere av disse humorene kunne føre til sykdom. Galeniske leger brukte en rekke behandlinger for å gjenopprette balansen mellom humor, inkludert blodsletting, utrensing og urtemedisiner.
På 1100-tallet begynte en ny bølge av medisinsk kunnskap å dukke opp fra Europas universiteter. Disse universitetene var læringssentre, og de spilte en nøkkelrolle i utviklingen av nye medisinske ideer og praksiser. En av de viktigste figurene i utviklingen av middelaldermedisinen var den arabiske legen Ibn Sina (kjent i Vesten som Avicenna). Ibn Sinas verk, The Canon of Medicine, ble en av middelalderens viktigste medisinske tekster. Den ble oversatt til latin og ble brukt som lærebok ved europeiske universiteter i århundrer.
The Canon of Medicine var en omfattende guide til medisinsk praksis, og den dekket alt fra anatomi til kirurgi til farmakologi. Den var basert på læren til Galen, men den inkorporerte også nye ideer og observasjoner. For eksempel beskrev Ibn Sina sirkulasjonen av blod i lungene, som var et stort gjennombrudd innen medisinsk kunnskap.
I tillegg til medisinsk kunnskap, var middelalderleger også dyktige kirurger. De utførte en rekke operasjoner, inkludert amputasjoner, kataraktoperasjoner og keisersnitt. De utviklet også nye kirurgiske instrumenter, som skalpellen og tangen.
Til tross for fremskritt innen medisinsk kunnskap og praksis, var middelalderen fortsatt en tid med store sykdommer. Gjennomsnittlig levealder var lav, og folk ble ofte rammet av pester og andre epidemier. Imidlertid var legene i middelalderen dedikert til sine pasienter, og de ga betydelige bidrag til utviklingen av moderne medisin.