Allergier er ikke klassifisert som autoimmune sykdommer fordi de ikke innebærer at immunsystemet angriper kroppens eget vev. Autoimmune sykdommer oppstår når immunsystemet feilaktig identifiserer friske celler som fremmede og starter et angrep mot dem. Allergier oppstår derimot når immunsystemet overreagerer på ufarlige stoffer i miljøet, som pollen, støv eller visse matvarer. Selv om allergier kan forårsake betydelige symptomer og ubehag, involverer de ikke immunsystemet som angriper kroppens eget vev, som er den definerende egenskapen til autoimmune sykdommer.
