Størrelsen på den menneskelige hjernen varierer betydelig mellom individer, uten noen klar forskjell basert utelukkende på tilstedeværelsen av autisme. Hjernestørrelser og -strukturer er forskjellig blant personer med autisme, men disse variasjonene er ikke konsistente og kan også finnes i den generelle befolkningen. Hjernens utvikling og størrelse påvirkes av ulike faktorer som genetikk, miljø og individuelle opplevelser, snarere enn å være direkte bestemt av autisme.
