Den delen av hjernen som er påvirket av epilepsi avhenger av typen anfall og den underliggende årsaken. Generelt er anfall forårsaket av unormal elektrisk aktivitet i hjernen. Denne aktiviteten kan forekomme i alle deler av hjernen, men den starter oftest i tinninglappene, som er plassert på sidene av hjernen. Ved temporallappepilepsi kan anfallene forårsake en rekke symptomer, inkludert endringer i humør, atferd og hukommelse. Andre deler av hjernen som kan bli påvirket av epilepsi inkluderer frontallappene, parietallappene og occipitallappene. Anfall som starter i frontallappene kan forårsake endringer i personlighet, atferd og bevegelse. Anfall som starter i parietallappene kan forårsake problemer med språk, romlig bevissthet og oppmerksomhet. Anfall som starter i occipitallappene kan forårsake synsforstyrrelser.