Mekanisk fordøyelse i magen innebærer fysisk nedbrytning av mat til mindre partikler. Dette oppnås gjennom muskelsammentrekningene i mageveggene, som churner og blander maten med magesaft. Magen inneholder også rygger kalt rugae, som bidrar til å øke overflaten av magesekken og lette blandingsprosessen.
Kemisk fordøyelse i magen innebærer nedbrytning av mat av enzymer. Det viktigste enzymet i magen er pepsin, som bryter ned proteiner til mindre peptider. Pepsin aktiveres av det sure miljøet i magen, som skapes av utskillelsen av saltsyre (HCl) fra mageslimhinnen. HCl bidrar også til å drepe bakterier og andre mikroorganismer som kan være tilstede i maten.
De kombinerte effektene av mekanisk og kjemisk fordøyelse i magen bidrar til å bryte ned maten til et halvflytende stoff kalt chyme, som deretter sendes til tynntarmen for videre fordøyelse og absorpsjon.