Begrepet som beskriver fremmede molekyler som kommer inn i immunsystemet er "antigener". Antigener gjenkjennes som fremmede av kroppen og får derfor immunsystemet til å reagere. De kan være proteiner, sukkerarter eller andre molekyler som immunsystemet ikke er kjent med. Når kroppen møter antigener, produserer den antistoffer for å avverge fremmedstoffer og beskytte kroppen mot sykdom.