De fleste bivirkningene av H1N1-vaksinen er milde, som sårhet, rødhet eller hevelse på injeksjonsstedet, mild feber, hodepine, muskelsmerter, tretthet og kvalme. Disse varer vanligvis i noen dager. Mer alvorlige bivirkninger, som Guillain-Barré syndrom, er svært sjeldne.