Ikke alle antigener er immunogener. Et immunogen er et antigen som er i stand til å stimulere en immunrespons, mens et antigen er et hvilket som helst stoff som gjenkjennes av immunsystemet. Noen antigener er ikke immunogene, enten fordi de ikke er i stand til å bli behandlet av immunsystemet eller fordi de ikke inneholder de nødvendige molekylære strukturene for å utløse en immunrespons. For eksempel er noen polysakkarider antigener, men er ikke immunogene, mens noen proteiner er både antigener og immunogener.
