Ved autoimmune sykdommer angriper immunsystemet ved en feiltakelse kroppens eget vev. Dette kan føre til betennelse og skade på ulike organer og vev. Autoimmune sykdommer inkluderer tilstander som revmatoid artritt, lupus og multippel sklerose.
Derfor er allergiske reaksjoner og autoimmune sykdommer distinkte responser fra immunsystemet. Mens begge involverer immunresponser, er de forskjellige i målet for immunangrepet (fremmede stoffer vs. selvvev) og de resulterende symptomene og tilstandene.