Den vanligste årsaken til Cri du Chat syndrom er en sletting, eller tap, av genetisk materiale fra den korte armen til kromosom 5 (5p). Denne slettingen kan skje enten spontant eller som et resultat av en kromosomal translokasjon. Ved spontan sletting går arvestoffet tapt under celledeling. I tilfeller av translokasjon overføres arvestoffet fra kromosom 5 til et annet kromosom, noe som resulterer i tap av genetisk materiale fra kromosom 5.
Størrelsen på slettingen kan variere, og større slettinger er assosiert med mer alvorlige symptomer på Cri du Chat syndrom. Slettingen kan også påvirke ulike gener, noe som kan føre til ulike symptomer. I tillegg til slettingen kan andre kromosomavvik, som duplikasjoner eller inversjoner, også forårsake Cri du Chat-syndrom. Disse abnormitetene er mye mindre vanlige enn slettingen.
