Metronidazol brukes vanligvis ikke til å behandle herpes. Det er et antibiotikum som er effektivt mot visse typer bakterier og parasitter, men det har ingen antiviral aktivitet. Herpes er forårsaket av et virus, så metronidazol ville ikke være en effektiv behandling. Det finnes antivirale medisiner som er spesielt utviklet for å behandle herpes.