Immunsystemet har ulike mekanismer for å eliminere og kontrollere bakterier. Spesialiserte hvite blodceller som nøytrofiler, makrofager og T-celler spiller en avgjørende rolle i å ødelegge og bekjempe patogener. I tillegg interagerer antistoffer produsert av immunsystemet med bakterier, merker dem for ødeleggelse av immunceller eller forhindrer deres smitteevne.