Dysfunksjon av immunsystemet: Personer med Crohns sykdom har et overaktivt immunsystem som angriper cellene i fordøyelseskanalen og forårsaker betennelse og skade.
Genetikk: Crohns sykdom kan forekomme i familier, noe som tyder på at det kan være en genetisk komponent til sykdommen. Imidlertid er de eksakte genene som er involvert i Crohns sykdom ennå ikke identifisert.
Miljøfaktorer: Visse miljøfaktorer, som røyking, stress og eksponering for visse bakterier eller virus, kan også øke risikoen for å utvikle Crohns sykdom.
Selv om den eksakte årsaken til Crohns sykdom ikke er kjent, kan forståelse av faktorene som bidrar til utviklingen bidra til å forbedre diagnose og behandling, og til slutt forhindre sykdommen.