Ikke alle sykdommer er forårsaket av mikroorganismer. Noen sykdommer, som genetiske lidelser, autoimmune sykdommer og skader, er ikke forårsaket av mikroorganismer. Selv om mikroorganismer er årsaken til mange sykdommer som påvirker menneskers helse. Bakterier, virus, sopp og parasitter kan alle forårsake sykdom hos mennesker.