Tropiske sykdommer hadde en ødeleggende innvirkning på spanske styrker på Cuba. Gul feber, malaria, dengue og andre sykdommer drepte tusenvis av tropper og uføre mange flere. Den høye dødeligheten blant spanske soldater førte til mangel på arbeidskraft, som igjen gjorde det vanskelig for spanjolene å opprettholde kontrollen over øya. I tillegg spredte sykdommene seg også til den lokale cubanske befolkningen, og forårsaket utbredt død og lidelse.