1. Toksiner: Noen sykdomsfremkallende organismer produserer giftstoffer, som er skadelige stoffer som kan skade celler og vev. Giftstoffer kan ha en rekke effekter, inkludert å forårsake betennelse, ødeleggelse av vev og organsvikt. For eksempel giftstoffet som produseres av bakterien Clostridium perfringens forårsaker gass koldbrann, en alvorlig infeksjon som kan føre til vevsdød og amputasjon.
2. Invasiv vekst: Noen patogene organismer kan invadere og skade vertsvev ved å vokse og formere seg i dem. Dette kan føre til betennelse, vevsskade og organsvikt. For eksempel bakterien Staphylococcus aureus** kan invadere huden og forårsake en rekke infeksjoner, inkludert byller, abscesser og cellulitt.