Det er en inflammatorisk respons som involverer sentralnervesystemet under det encefalitiske stadiet. Viruset er kjent for å ha en affinitet til nevrale vev og nevrotransmitterreseptorene i hjernen, noe som kan være en årsak til betennelsen og de påfølgende kliniske tegnene på sykdommen.
Hydrofobi eller vannaversjon er et tegn på at det menneskelige nervesystemet har blitt kompromittert. Den smittede opplever ofte problemer med å svelge på grunn av intense muskelspasmer i svelg og luftveier. Disse spasmene oppstår som respons på stimuli som å prøve å drikke vann, og det er derfor det ser ut som en hydrofobi (vannskrekk) når det i virkeligheten er en refleksrespons på å svelge noe.